中心制定了系列管理规章制度，保证中心规范、有序运行。现有的 24 项规章制度，涵盖实验教学管理、实验室使用管理、仪器设备管理、实验室安全管理、中心实验室考核管理等方面。这些制度体现了以学生为本的宗旨，既严格规范，又充满人文关怀，营造了有序、有效、宽松、愉悦的制度氛围。
中心管理制度一览表
| 序号 |
管理制度 |
| 1 |
中心实验室管理制度 |
| 2 |
中心学生仿真实验规则 |
| 3 |
中心档案管理制度 |
| 4 |
中心实验室考评标准 |
| 5 |
中心教学考评标准 |
| 6 |
中心卫生管理制度 |
| 7 |
中心实验室设备管理制度 |
| 8 |
中心精密仪器使用管理制度 |
| 9 |
中心仪器设备维修管理规定 |
| 10 |
中心仪器设备仪器设备损坏丢失赔偿的管理规定 |
| 11 |
中心实验室学生实习管理制度 |
| 12 |
中心开放实验室管理办法 |
| 13 |
中心实验室开放管理制度 |
| 14 |
中心实验室关于创新研究与科技制作实验室运行的管理制度 |
| 15 |
（核科学技术学院）关于开展学生科技创新活动的实施办法 |
| 16 |
中心学生课程设计上机管理制度 |
| 17 |
中心对外接待（开放）工作条例 |
| 18 |
中心网站维护更新制度 |
| 19 |
中心实验室安全管理制度 |
| 20 |
中心保密工作管理制度 |
| 21 |
中心实验室计算机实软件安装、使用管理规定 |
| 22 |
中心计算机实验室保密管理制度 |
| 23 |
南华大学校园网络管理办法 |
| 24 |
中心计算机网络及信息管理制度 |
为充分发挥中心专家委员会的作用，进一步做好学校校企合作管理工作，加强学校与企业的联系和合作，深化教学改革，提高核能与核技术工程虚拟仿真实验教学中心的建设和管理水平，实施“校企双制”共同培养核能与核技术工程高级人才，中心根据校企双方协商后制订了南华大学“核能与核技术工程虚拟仿真实验教学中心”专家委员会章程。章程对专家委员会名称、性质、指导思想、组织机构、主要职责、双方权利与义务等内容进行了规定和说明。
